Efterlevnaden av gentekniklagen övervakas i praktiken av Tillstånds- och tillsynsverket för social- och hälsovården (Valvira), Finlands miljöcentral (SYKE) och Livsmedelssäkerhetsverket (Evira).
Valvira övervakar innesluten användning av genetiskt modifierade organismer och, när det gäller hälsofrågor, avsiktlig utsättning. Miljöcentralen övervakar avsiktlig utsättning när det gäller miljöfrågor, medan Evira övervakar avsiktlig utsättning inom jord- och skogsbruksområdet.
Gentekniknämnden styr och samordnar tillsynen. Gentekniknämnden bestämmer också vid behov vilken tillsynsmyndighet som är behörig i ett ärende som gäller avsiktlig utsättning. Bestämmelser om inspektioner enligt gentekniklagen ingår i social- och hälsovårdsministeriets förordning 198/2007.